Ekosistem je složeni ekološki sistem u kom su neraskidivo povezani biotop i biocenoza. Ekosistem kopnenih tekućih voda obuhvata ekosistem reka, potoka i izvora. Brzina toka vode, kao najznačajniji faktor, zavisi od nagiba rečnog korita i količine vode, pa zato u različitim tokovima reke srećemo različite biocenoze.
Gornji tok karakterišе: mala količina vode, velika brzina vode, kamenito dno, kristalna providnost vode, velika količina rastvorenog kiseonika… Predstavnici živog sveta su: silikatne alge, mahovina, pastrmke.
Srednji tok karakteriše: manja brzina, dno peskovito i šljunkovito, manja količina rastvorenog kiseonika, manja providnost, temperaturna kolebanja… Predstavnici živog sveta su: zelene alge, riba mrena i rečni rak.
Donji tok karakteriše: mala brzina vode, dno peskovito i muljevito, mutna voda, leti ima manje rastvorenog kiseonika i veća je temperatura vode… Predstavnici živog sveta su: fitoplankton koga čine predstavnici većine grupa algi, zooplankton čiji sastav veoma varira, riba deverika, a na dnu su česte modrozelene alge i rečne školjke.
Obalski deo (litoral) odlikuje specifična flora i fauna. Zbog uslova koji vladaju u vodenim ekosistemima (slabija svetlost, rastvoreni minerali i gasovi, ujednačenija temperatura) biljke su se prilagodile npr. većom površinom potopljenih listova u odnosu na zapreminu, redukcijom korena itd. Vodene biljke u užem smislu su one koje su potpuno potopljene u vodu i one koje jednim delom plutaju po površini vode (alge, mahovine, paprati, lokvanj).